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研究的基本困难在于药效物质基础不明。以往人们利用色谱、光谱等技术，寻找中药中的化学成分，研究其结构、性质、组成，从而揭示中药作用的物质基础，在中药的现代研究中取得了很多的成就。但大多所谓的“活性成分研究"，只是将分离得到的化合物在测定结构之后，再进行活性筛选，收效甚微，很少有人采用活性指导下的导向分离方法。因此，那些含量甚微且又难于分离的活性成分很可能于分离途中丢失，且丢失了也难于察觉。
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