1、传代保存法
有些微生物当遇到冷冻或单调等处理时，因此在这种情况下，只能求助于传代培养保存法。传代培养便是要守时地进行ATCC细胞转接、培养后再保存，它是基本的微生物保存法，例如酸奶等常用生产菌种的保存。传代保存时，培养基的浓度不宜过高，营养成分不宜过于丰盛，尤其是碳水化合物的浓度应在或许的范围内尽量下降。培养温度通常以稍低于适生长温度为好。若为产酸ATCC细胞，则应在培养基中增加少数碳酸钙。一般地，大多数菌种的保藏温度以5℃为好，像厌氧菌、霍乱弧菌及部分病原真菌等微生物菌种则可以运用37℃进行保存，而蕈类等大型食用菌的ATCC细胞则可以室温直接保存。

传代培养保存法尽管简练，但其缺陷也很明显，如：
①ATCC细胞管棉塞常常简略发霉;
②菌株的遗传性状简略产生变异;
③重复传代时，菌株的病原性、构成生理活性物质的才干以及构成孢子的才干等均有下降;
④需求守时转种，作业量大;
⑤杂菌的污染机会较多。

2、液体白腊覆盖保存法
该法较前一种方法保存ATCC细胞的时间更长，适用于霉菌、酵母菌、放线菌及需氧细菌等的保存。此法可防止单调，并经过限制氧的供给而到达削弱微生物代谢作用的目的。其具有方法简练的优点，一起也适用于不宜冷冻单调的微生物(如产孢才干低的丝状菌)的保存，而某些细菌如固氮菌、乳酸杆菌、明串珠菌、分枝杆菌、红螺菌及沙门氏菌等和一些真菌如卷霉菌、小克银汉霉、毛霉、根霉等不宜选用此法进行ATCC细胞保藏。

3、悬液保存法
即便微生物混悬于恰当溶液中进行保存的方法。常用的有：
① 蒸馏水保存法：适用于霉菌、酵母菌及绝大部分放线菌，将其菌体悬浮于蒸馏水中即可在室温下保存数年。本法应留心防止水分的蒸发。
② 糖液保存法：适用于酵母菌，如将其菌体悬浮于10%的蔗糖溶液中，然后于冷暗处保存，可长达10年。除此之外，也可运用缓冲液或食盐水等进行保存。

在进行冷冻单调时，需留心以下几个问题：
1.冷冻单调前的培养条件：首要查验ATCC细胞纯度。一般地说，将待保存的微生物在营养丰盛且简略增菌的培养基上进行培养为宜;菌龄以到达对数生长期为好;若为有芽孢或孢子的微生物，则以芽孢和孢子构成今后进行保存为好;菌液浓度以高为好，如细菌应到达109～1010/ml。可在安瓶外侧符号或在安瓶内封入标签。
2.安瓶的预备：将安瓶在2%HCl中浸泡过夜，自来水冲刷3次后，蒸馏水刷净，单调，塞棉塞，贴标签，干热灭菌或温热灭菌后，60℃恒温单调。
3.ATCC细胞增加保护剂：常用的保护剂有脱脂乳、12%蔗糖、加7.5%葡萄糖的一般肉汤以及加7.5%葡萄糖的血清等等。

4、冷冻单调保存法
它的原理是首要将微生物冷冻，然后在减压下使用进步现象除去水分。从菌体中除去大部分水分后，细胞的生理活动就会中止，因此可以到达长期保持生命状况的目的。该方法适用于绝大多数微生物ATCC细胞(包括噬菌体和立克次氏体等)的保存。

 在保藏过程中，必须使微生物的代谢处于不活泼或相对停止的状况，才能在一定的时间内使其不发生变异而又保持生活能力。